WSB kan helpen bij het coördineren van subsidieaanvragen. Aan veel subsidies zijn specifieke (verantwoordings)voorwaarden verbonden. Vóór de aanvraag van een subsidie is het belangrijk om deze voorwaarden te kennen. Zo is voor subsidies van de ministeries OCW, VWS en SZW een kaderregeling van kracht. Hierin staat onder ander dat het accountantsprotocol moet worden nageleefd. Voor bepaalde subsidies kan het in het kader van dit protocol nodig zijn om een assurance- of accountansverklaring te verkrijgen. Gemeentes- en provincies werken vaak met een algemene subsidieverordening.